Helena Fojkar Zupančič bekam Unterricht in Sologesang und Musik-Pädagogik an der Musikakademie in Ljubljana und konnte ihre Fähigkeiten bei zahlreichen Seminaren für Sologesang und Dirigieren vervollkommnen. Sie arbeitet als Chordirigentin und Stimmbildnerin am klassischen Gymnasium der Diözese in Ljubljana. Sie leitet den St. Stanislaw Mädchenchor des klassischen Diözesan-Gymnasiums und den gemischten Chor St. Nicholas, die beide ein klassisches Repertoire anbieten, sowie den (Re)Mixed Chor des klassischen Diözesan-Gymnasiums  mit seinen 90 Mitgliedern, der ein Gospel-, Pop- und Musical-Repertoire singt. Ihre Chöre zeichnen sich durch ihre perfekte Vokaltechnik, ihre gründlichen Kenntnisse des musikalischen Inhaltes, eine kraftvolle Klangqualität und durch originelle Interpretationen aus.

Zu ihren wichtigsten Erfolgen der jüngsten Zeit gehören: hervorragende Siege am EBU-Wettbewerb Let the Peoples Sing 2009 in Oslo und Summa cum Laude 2013 in Wien, die Teilnahme am Europäischen Festival der Jugendchöre in Basel mit dem Mädchenchor St. Stanislaw, sowie 1. Preise in Venedig bei Musica 2011, Maasmechelen 2013, und die goldene Plakette beim nationalen Wettbewerb Naša pesem 2012 mit dem gemischten Chor St. Nicholas.

Von 2004 bis 2009 leitete sie den Slowenischen Kinderchor. Seit 2009 hat sie mit dem RTV Slowenischen Kammerchor-Projekt Konzerte gesungen und Aufzeichnungen gemacht. Sie ist im letzten Jahr mit dem RTV Slowenischen Sinfonie-Orchester aufgetreten und in diesem Jahr mit dem Kammerchor der Slowenischen Philharmonie. Sie leitet Seminare für Dirigenten und Musiklehrer und nimmt an nationalen und internationalen Jurys teil. Sie gibt regelmäßig neue Werke von slowenischen Komponisten in Auftrag und führt sie auf. Sie hat auch mehrere CDs aufgenommen.